Parte integrante do termo de Coimbra e situada na sua área de jurisdição, a história de São Martinho liga-se, umbilicalmente, á desta cidade. Ocupada sucessivamente por Romanos, Visigodos e Muçulmanos, reconquistada definitivamente pelos cristãos em 1064 e usufruindo duma situação geográfica e estratégica privilegiada, Coimbra torna-se, desde então a mais importante Cidade de fronteira desta faixa ocidental peninsular, a Capital politica e religiosa, de um vasto território que ia, sensivelmente, do Douro ao Mondego e do mar até aos territórios de Viseu e Lamego, inclusive. Vasto território governado pelo Moçárabe D. Sisnando, natural de Tentúgal, rodeado e apoiado por muitos outros moçárabes, laicos e eclesiásticos, que dominavam territórios mais ou menos vastos, circundantes a Coimbra, ordenados e hierarquizados a partir dela. Moçarabes fundamentais no esforço de desbravamento, de povoamento, e conquista de solos e desenvolvimento de vias de comunicação, numa palavra, na prosperidade do mundo rural circunvizinho de que Coimbra – numa intima relação de complementaridade – passou a depender e sobre o qual influía e intervinha directamente.
A vontade de responder ao apelo colonizador lançando por D. Sisnando e a consciência das boas condições fisiográficas do local de São Martinho – Na margem esquerda do Mondego, integrando as extensas planícies aluviais que constituíam os formosos e férteis campos do Mondego -, então por certo devastado e despovoado, terão suscitado o interesse do Abade Pedro, Moçárabe chegado da terra de Pagãos e acolhido por D. Sisnando, que a quis repovoar, edificar e defender. Cedo, o local se viu enriquecido, pois o abade, expensas próprias, ai construiu Igreja que fez circundar de casas, vinhas, arvores e mesmo de uma torre dos religiosos que ai viviam. Os limites da Igreja, o mesmo é dizer da paróquia forma demarcados por oficiais de D. Sisnando a 25 de Abril de 1080.
No estabelecimento destes limites se encontra o acto fundador desta comunidade, o núcleo genético desta estrutura espaço-religiosa secular que é São Martinho.
Desde inicio o grupo humano que estrutura o quadro da vida quotidiana desta localidade articula-se com um outro mais vasto, que comanda a vida religiosa: o da Paróquia. Desde então a igreja paroquial e o cemitério constituem pólos de sociabilidade importantes. Os ofícios religiosos reúnem os habitantes: a igreja é lugar de informação, de encontro, de discussão, de tratamento de negócios.
O abade D. Pedro primeiro, e muitos outros depois, estimulados por ele, ao longo da década de oitenta do séc. XI, dotarão a igreja de São Martinho de muitos bens (terrenos de lavoura e de baldio, moinhos com as suas várzeas e águas), numa vasta área em seu redor, até Sujeira, Taveiro, Antanhol, por um lado, e Monte Gemil, por outro.
Em Fevereiro de 1094, em virtude do testamento do referido abade – que lega a catedral de Coimbra a igreja de São Martinho com todas as suas pertenças –, o destino da comunidade passa para as mãos de um novo senhoria, a Sé de Coimbra. Por esta razão, ao anterior topónimo da Freguesia (São Martinho em honrado santo mártir que viveu no séc. IV), se substituirá (a longo prazo talvez) o de São Martinho do Bispo, marcando essa relação de vassalidade e obediência face ao bispo de Coimbra.
A insegurança que ainda então se fazia sentir na margem Sul do Mondego, a necessidade de se proceder ao cultivo das terras, a procura de fixação de população no território da Freguesia e a direcção espiritual dos paroquianos justificará o estabelecimento de múltiplos aforamentos ou emprazamentos bem como o envio de párocos por parte da Sé, desde os primeiros anos do séc. XII.
Assim se vai organizando o espaço, assim vão emergindo zonas mais particularmente povoadas de lavradores, cujo quadro da vida quotidiana e dos laços que os unem é a família. A transmissão hereditária de terrenos em São Martinho e as relações estabelecidas entre o senhor (a Sé) e os camponeses deixam apreender algumas famílias aqui estabelecidas durante várias gerações.
Em Janeiro de 1141 o então bispo da Sé de Coimbra, Bernardo, concede uma nova carta de povoamento a São Martinho. A segurança seria maior (apesar de ainda se prever a possibilidade de devastações de Mouros), os colonos seriam em maior número, as condições exigidas eram, por isso, mais pesadas. E, pretendendo defender-se de usurpações, proibia o senhorio que aquela herdade fosse aforada a cavaleiros ou homens poderosos. Usurpações e indevidas alienações que terão, no entanto, surgido e que o bispo D. Miguel Salomão, já na segunda metade do séc. XII, terá conseguido recuperar.
Durante o séc. XIII, período de estabilidade e desenvolvimento, o povoamento e colonização desta área manteve-se, assistindo-se até a uma certa concentração da população (e a uma relativa concentração e expansão de vinhedos). Tornada couto da Sé de Coimbra (chamada ora de S. Martinho do Bispo ora de São Martinho do Couto), bem servida por vias públicas que entroncavam no povoado e daí seguiam para Coimbra, a comunidade vê-se já então reconhecida como uma das mais importantes e ricas do aro da Cidade de Coimbra. Tão importante que, com alguma frequência, o Rei aqui pousava com a sua corte. Aqui esteve D. Dinis, pelo menos em 6 de Outubro de 1304 e em 14 de Abril de 1306. E quando este Rei pôs cerco a Coimbra em virtude da guerra civil com o seu filho o infante Afonso (futuro Afonso IV), decidiu-se que El Rei se desalojasse do arrabalde da cidade e viesse para São Martinho do Bispo. Assim, uma Terça-feira 16 de Março de 1322, o Rei passou-se para São Martinho numa barca, com toda a gente que o seguia, tendo aqui permanecido quatro dias.
De Cernache (ou Antanhol) podia partir-se para Coimbra “pollo caminho do Campo”, indo sair-se a São Martinho do Bispo. Foi esta a direcção seguida pela embaixada do Preste João em 1527. Em São Martinho foram ainda recebidos outros monarcas, como D. João III (em 1550) e D. Sebastião (em 1570), vindo pelo menos este de Condeixa.
